年末調整で手続きできないのは扶養控除？申告できる控除とできない控除一覧
最終更新日：2026年11月10日
この記事でわかること
- ✔ 扶養控除は年末調整で手続き可能（ただし16歳未満は所得税控除の対象外）
- ✔ 年末調整で手続きできない代表的な控除（医療費控除・寄附金控除・初年度住宅ローン控除・雑損控除）
- ✔ 年末調整で漏れた控除や手続きできない控除を取り戻す確定申告の期限と進め方
「年末調整で手続きできないのは扶養控除だったっけ？」と疑問に感じて検索される方が増えています。結論から申し上げますと、扶養控除は年末調整で手続きできる代表的な控除です。
ただし、16歳未満の子どもの扱いや、配偶者控除との混同、国外居住親族の確認書類の不備などによって「年末調整で控除を受けられなかった」という誤解が生じやすいのも事実です。また、会社員であっても年末調整では絶対に手続きできず、確定申告が必須となる控除も存在します。
この記事では、扶養控除が年末調整でどう扱われるのかを整理したうえで、年末調整で手続きできる控除・できない控除の違い、確定申告で税金を取り戻す実践的な方法までわかりやすく解説します。
結論：扶養控除は年末調整で手続きできる！誤解されやすい理由
扶養控除は、勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出することで、年末調整において問題なく手続きできます。
それにもかかわらず「扶養控除は年末調整でできない」と勘違いされる主な理由は、次のとおりです。
- 16歳未満の子どもは所得税の扶養控除の対象外（児童手当の創設に伴い廃止）であるため
- 配偶者は扶養控除ではなく「配偶者控除・配偶者特別控除」という別枠の申告書で手続きするため
- 国外に住む親族を扶養に入れる際、親族関係書類や送金関係書類が揃わず会社で受理されなかったため
- 扶養親族の年間合計所得金額が基準を超えてしまい、対象から外れてしまったため
年末調整で手続き「できる控除」と「できない控除」の完全比較
このように、医療費控除、ふるさと納税をはじめとする寄附金控除、雑損控除、そして住宅ローン控除の適用初年度は、年末調整では一切手続きできません。
これらを利用して所得税の還付を受けたい場合は、会社での年末調整が終わった後に、自身で税務署へ確定申告（還付申告）を行う必要があります。
年末調整における各種控除の対応一覧
| 区分 | 控除の名称 | 年末調整での可否 | 必要な対応・備考 |
|---|---|---|---|
| 所得控除 | 扶養控除 | 可能 | 扶養控除等申告書を勤務先に提出 |
| 所得控除 | 配偶者控除・配偶者特別控除 | 可能 | 配偶者控除等申告書を勤務先に提出 |
| 所得控除 | 基礎控除 | 可能 | 基礎控除申告書を勤務先に提出 |
| 所得控除 | 生命保険料控除・地震保険料控除 | 可能 | 保険会社の発行する控除証明書を添付 |
| 所得控除 | 小規模企業共済等掛金控除（iDeCo等） | 可能 | 掛金払込証明書を添付（給与天引きでない場合） |
| 所得控除 | 障害者控除・寡婦控除・ひとり親控除・勤労学生控除 | 可能 | 扶養控除等申告書に該当事項を記載 |
| 所得控除 | 社会保険料控除 | 可能 | 給与天引き分は自動計算、自身で払った分は証明書添付 |
| 所得控除 | 医療費控除（セルフメディケーション税制） | 不可 | 確定申告が必須（領収書を元に明細書を作成） |
| 所得控除 | 寄附金控除（ふるさと納税等） | 不可 | 確定申告が必須（ワンストップ特例利用時を除く） |
| 所得控除 | 雑損控除 | 不可 | 災害や盗難などの被害。確定申告が必須 |
| 税額控除 | 住宅ローン控除（初年度） | 不可 | 入居初年度は確定申告が必須（2年目以降は年末調整可） |
| 税額控除 | 住宅ローン控除（2年目以降） | 可能 | 税務署の証明書と金融機関の残高証明書を提出 |
年末調整で手続きできる「扶養控除」の区分と控除額
扶養控除は、納税者に所得税法上の控除対象扶養親族がいる場合に適用できる所得控除です。
対象となる扶養親族の年齢や同居の有無によって、控除額は段階的に分かれています。
控除対象扶養親族の区分と所得税・住民税の控除額
扶養控除の対象となるのは、その年の12月31日時点で「16歳以上」かつ「生計を一にする親族（配偶者を除く）」で、年間の合計所得金額が一定基準以下の人です。
区分ごとの所得税および住民税の控除額は次のとおりです。
| 区分 | 対象となる年齢・条件 | 所得税の控除額 | 住民税の控除額 |
|---|---|---|---|
| 一般の控除対象扶養親族 | 16歳以上19歳未満、23歳以上70歳未満 | 38万円 | 33万円 |
| 特定扶養親族 | 19歳以上23歳未満（大学生年代など） | 63万円 | 45万円 |
| 老人扶養親族（同居老親等） | 70歳以上（本人または配偶者の直系尊属と同居） | 58万円 | 45万円 |
| 老人扶養親族（同居老親等以外） | 70歳以上（別居の親など） | 48万円 | 38万円 |
要介護認定を受けている高齢の親は「障害者控除」の上乗せも確認
扶養に入れている親が65歳以上で、要介護認定を受けている場合、市区町村長から「障害者控除対象者認定書」の交付を受けることで、障害者控除が適用できるケースがあります。
該当する場合の所得税の控除額は次のとおりです。
- 障害者控除：27万円（身体障害者手帳等がなくても認定書で適用可能な場合あり）
- 特別障害者控除：40万円（常に就床を要するなど重度の認定を受けた場合）
- 同居特別障害者控除：75万円（特別障害者である扶養親族と同居している場合）
年末調整で手続き「できない」主な控除と注意点
年末調整の書類に記入しても会社側で処理できない控除について、それぞれの特徴と注意点を詳しく解説します。
医療費控除・セルフメディケーション税制
1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が高額になった場合に利用できる医療費控除は、年末調整では手続きできません。
医療費控除の基本的な要件は次のとおりです。
- 支払った医療費の合計額から保険金等で補填された額を差し引き、そこから「10万円」または「総所得金額等の5%」のいずれか低い方を引いた残額が対象（上限200万円）
- 生計を一にする家族全員分の医療費を合算可能
- 通院に必要な公共交通機関の交通費は対象（自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外）
- 乳幼児の鼻吸い器などの器具は、医師の指示に基づく治療上必要なものと認められる一定のケースを除き、一般的な育児用品は対象外となる点に注意
寄附金控除（ふるさと納税など）
ふるさと納税を含む寄附金控除も、会社の年末調整では扱えません。
ふるさと納税で控除を受けるためのルートは次のとおりです。
- ワンストップ特例制度：寄付先が年間5自治体以内で確定申告をしない会社員なら、自治体へ申請書を提出することで確定申告不要（翌年6月からの住民税から減額）
- 確定申告：寄付先が6自治体以上ある場合や、医療費控除等の申告を行う場合は、確定申告で「寄附金受領証明書」を添えて申告が必須
住宅ローン控除（1年目）
マイホームを購入・新築・増改築した際の住宅ローン控除は、入居した最初の年のみ年末調整での申請が認められておらず、確定申告が必要です。
登記事項証明書や売買契約書、借入金の年末残高証明書などを揃えて申告します。2年目以降は、税務署から送付される申告書と金融機関の残高証明書を勤務先に提出すれば、年末調整で手続きできます。
手続きできない控除を取り戻す確定申告（還付申告）の手順と期限
減税額の計算にあたっては、所得税の超過累進税率（5%〜45%）を理解しておくことが大切です。
所得控除による所得税の実際の減税額は、次の考え方で計算されます。
- 還付申告の期間：その年の翌年1月1日から5年間いつでも提出可能
- 通常の確定申告期間（2月中旬〜3月中旬）に関わらず、1月早々から手続きできる
- マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」からe-Taxで自宅から提出可能
- 勤務先から交付される源泉徴収票を用意し、支払金額や源泉徴収税額を画面の案内に沿って入力する
共働き世帯が扶養控除で損をしないためのポイント
また、個人事業主や法人経営者の節税策として耳にする「倒産防止共済（経営セーフティ共済）」は掛金を全額損金・経費にできる強力な制度ですが、会社員の給与所得控除や年末調整の控除枠としては利用できません。
会社員が使える公的な節税策としては、扶養控除や住宅ローン控除の適正な申告、iDeCo（掛金全額が小規模企業共済等掛金控除の対象）、ふるさと納税の適切な活用が王道となります。
- 所得税率は所得が高くなるほど税率が上がる超過累進税率であるため、原則として「夫婦のうち所得（課税所得）が高い側」の扶養に入れると減税額が大きくなる
- 16歳未満の子どもは所得税の扶養控除がないためどちらにつけても所得税は変わらないが、住民税の非課税限度額の判定や会社の家族手当の支給要件を比較して決める
- 親を扶養に入れる場合も、所得が高い方の扶養控除対象親族とするのが基本
よくある質問
Q. 年末調整で扶養控除を出し忘れた場合はどうすればいいですか？
A. 会社の年末調整の再計算期間（翌年1月末頃まで）に間に合えば、会社に修正を依頼できます。もし会社の締切を過ぎてしまった場合でも、年明けから5年以内にご自身で確定申告（還付申告）を行えば、控除が適用されて納めすぎた所得税が戻り、住民税も再計算されます。
Q. 16歳未満の子どもは扶養控除等申告書に書かなくてもいいですか？
A. いいえ、必ず記入してください。16歳未満の子どもは所得税の控除額が0円ですが、住民税の非課税限度額の判定に必要な情報です。申告書の下部にある「住民税に関する事項」欄に記載しないと、住民税の計算で不利益を被る可能性があります。
Q. 乳幼児の鼻吸い器（メルシーポットなど）の購入費用は医療費控除の対象になりますか？
A. 原則として対象外です。医療費控除の対象となる医療用器具は、医師による診療や治療を直接受けるために必要なものに限られます。家庭用の鼻吸い器は一般的な衛生用品・育児用品とみなされることが多いため、医師から治療上直接必要と診断されて処方箋等があるなどの特別な事情がない限り、控除の対象には含まれません。
Q. ふるさと納税のワンストップ特例を出していれば年末調整の確定申告は不要ですか？
A. ふるさと納税のみで寄付先が5自治体以内、かつ他の理由で確定申告をしない場合は不要です。ただし、医療費控除を受けるためや初年度住宅ローン控除を受けるために確定申告を行う場合は、ワンストップ特例が無効になります。確定申告書にすべての寄附金控除の項目を必ず記載してください。
まとめ
- ▶扶養控除は年末調整で手続き可能。16歳未満は所得控除の対象外だが住民税欄への記載が必要
- ▶医療費控除、寄附金控除（ふるさと納税でワンストップを使わない場合）、初年度の住宅ローン控除、雑損控除は年末調整で手続きできず確定申告が必要
- ▶年末調整で手続きできない控除や申告漏れがあっても、翌年1月1日から5年以内であれば還付申告で税金を取り戻せる