医療費控除の領収書保管期間は5年！数え方や紛失時の対処・スマホ申告の流れと節税額の目安を解説
最終更新日：2026年10月21日
この記事でわかること
- ✔ 医療費控除の領収書は支払日ではなく確定申告期限の翌日から「5年間」の自宅保管が必要
- ✔ 実際に戻る所得税や安くなる住民税は控除額とご自身の課税所得（所得税率）で決まる
- ✔ スマホのe-Taxとマイナポータル連携を活用すれば入力の手間が省け書面保管も一部免除される
確定申告で医療費控除を利用する際、「領収書の提出が不要になったなら、すぐに捨てても大丈夫？」と疑問に思う方は少なくありません。
結論から言うと、申告書への添付は原則不要になりましたが、税務署からの提示要求に備えて自宅等で【5年間】保管する法的義務があります。
本記事では、保管期間の正確な数え方や領収書を失くした際の代替手段、控除額・節税額（所得税の還付金や住民税の減額）の計算の考え方、スマホ確定申告の一般的な流れまで分かりやすく解説します。
医療費控除の領収書保管期間は5年！正確な起算日と数え方
確定申告で医療費控除の適用を受ける場合、領収書そのものを税務署に提出・添付する必要は原則としてありません。
平成29年（2017年）分の確定申告以降、領収書の提出に代えて「医療費控除の明細書」を作成・提出する制度へと変更されたためです。
しかし、領収書の提出が免除された一方で、明細書の記載内容に誤りや不正がないかを後から確認できるよう、手元で一定期間保存する義務が法律で定められています。
保存が必要な期間は「5年間」と定められており、この期間内は税務署から提示や提出を求められる可能性があります。
もし税務署からの求めに応じられない場合、控除の適用が取り消されて追徴課税が発生するおそれがあるため注意が必要です。
領収書保管義務の法的な背景と保存が必要な理由
税務署は確定申告の提出後であっても、必要に応じて過去の申告内容を調査し、領収書の提示や提出を求める権限を持っています。
申告が終わったからといってすぐに領収書を破棄してしまうと、後日の確認の際に証明ができず、控除が取り消されるリスクが生じます。
電子データで取得した医療費通知などを活用する場合を除き、紙の領収書は必ず規定の期間まで厳重に保管しておきましょう。
5年間の保管期間を正しくカウントする起算日のルール
領収書の保管期限を正しく把握するためのスケジュールは次のとおりです。
例えば、令和6年中に支払った医療費の領収書は、令和7年3月15日の確定申告期限の翌日（3月16日）からカウントを開始します。
申告年度ごとの医療費領収書の保管期限一覧
| 医療費を支払った年 | 確定申告の期限日 | 領収書の保管期限（5年間） |
|---|---|---|
| 令和5年（2023年）分 | 令和6年（2024年）3月15日 | 令和11年（2029年）3月15日まで |
| 令和6年（2024年）分 | 令和7年（2025年）3月15日 | 令和12年（2030年）3月15日まで |
| 令和7年（2025年）分 | 令和8年（2026年）3月15日 | 令和13年（2031年）3月15日まで |
医療費控除の対象費用と対象外となる費用の判断基準
医療費控除を正しく申請するためには、どの支出が控除対象になり、どの支出が対象外になるのかを正確に把握することが大切です。
医療機関や薬局で支払ったすべての費用が認められるわけではなく、治療や診療に直接必要であったかどうかが判断の大きな境目となります。
例えば、病気やケガの治療を目的とした診察費や医薬品代は対象となりますが、健康増進や美容、病気予防を目的とした支出は対象外となります。
また、生計を一にする家族の分も合算できるため、世帯全体でどのような費用がかかったかを事前に整理しておくことが重要です。
医療費控除の対象・対象外となる主な費用の具体例
病院や薬局で支払った費用であっても、目的によって控除対象になるものとならないものに分かれます。
判断に迷いやすい主な費用の区分は次のとおりです。
医療費控除の対象項目と対象外項目の区分一覧
| 費用の区分 | 控除対象になる具体例 | 控除対象外になる具体例 |
|---|---|---|
| 診療・治療費 | 虫歯治療、インプラント、入院費用 | 美容整形、容姿を整えるための矯正 |
| 医薬品代 | 処方薬、治療目的の市販風邪薬・鎮痛剤 | ビタミン剤、疲労回復サプリメント |
| 検査・ドック | 異常が見つかり引き続いて治療を行った場合 | 異常が見つからなかった健康診断代 |
- 【治療費・医薬品代】医師による診療費・治療費、処方箋に基づく調剤薬代、治療のために購入した市販の風邪薬代などは対象
- 【歯の治療費】虫歯治療や機能回復のために必要と認められるインプラント治療費は対象。見た目を整える審美歯科矯正は対象外
- 【予防・美容費用】インフルエンザ予防接種代、健康維持用のサプリメント購入費、美容整形の手術費用などは対象外
判断に迷いやすい交通費や診断書代・予防接種の扱い
通院に伴う費用や書類作成料など、直接の治療費以外にも対象となるか判断が分かれる項目があります。
それぞれの取り扱いの詳細は次のとおりです。
- 【通院交通費】電車やバスなどの公共交通機関の運賃、陣痛時や緊急時のタクシー代は対象。自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外
- 【診断書作成料】治療の一環として医師の指示で作成された診断書費用は対象。個人的な生命保険金請求用の診断書は対象外
- 【松葉杖・補聴器】治療上直接必要と認められる松葉杖の購入費や、医師の指示書がある補聴器の購入費は対象
医療費控除の計算方法と所得税還付・住民税減税の目安
医療費控除を申請した際に「実際に自分の手元にいくら戻り、税金がどれくらい安くなるのか」を把握することは節税の第一歩です。
「医療費が10万円を超えたら超えた分がそのまま現金で戻ってくる」と勘違いされることが多くありますが、実際には税額の計算基準となる課税所得が減額される仕組みです。
医療費控除によって税金が安くなる効果は、大きく分けて「所得税の還付」と「住民税の減額（翌年度の税額差し引き）」の2つで構成されます。
還付金として指定口座に振り込まれるのは所得税の部分であり、住民税については翌年の給与や納税通知書での税額が減額される形になります。
医療費控除額の計算式と課税所得への影響
具体例として「1年間で支払った医療費が25万円、生命保険から給付金が5万円補填された場合」で考えてみましょう。
この場合、控除額は（25万円 − 5万円）− 10万円 ＝ 10万円 となります。
厳密には、この10万円を課税所得から差し引いた上で再計算した税額との差額が節税額となりますが、概算としては「控除額 × 税率」で目安を把握できます。
年収（所得）と控除額から見る還付・減税額の目安例
ご自身の正確な年収や家族の医療費を入力して、より詳細な還付額や「セルフメディケーション税制」とどちらが得かを自動判定したい方は、当サイトの無料診断ツールをご活用ください。
医療費控除額20万円における年収別の所得税還付・住民税減税の目安
| 年収の目安 | 課税所得の目安 | 適用所得税率 | 所得税還付額の目安 | 住民税減額分の目安 | 節税効果の合計 |
|---|---|---|---|---|---|
| 300万円程度 | 100万円 | 5% | 約10,000円 | 約20,000円 | 約30,000円 |
| 500万円程度 | 240万円 | 10% | 約20,000円 | 約20,000円 | 約40,000円 |
| 700万円程度 | 400万円 | 20% | 約40,000円 | 約20,000円 | 約60,000円 |
| 1,000万円程度 | 650万円 | 23% | 約46,000円 | 約20,000円 | 約66,000円 |
スマホとマイナンバーカードで行う確定申告の一般的な流れ
近年はスマートフォンとマイナンバーカードを利用して、自宅からオンラインで確定申告（e-Tax）を行う方が増えています。
画面の案内に沿って必要な情報を入力していくだけで、税務署へ出向くことなくスムーズに手続きを完了させることができます。
特に「マイナポータル連携」を活用すると、保険医療を受けた診療情報や薬局での調剤情報が自動で引き継がれるため、入力作業の大幅な省力化が可能です。
さらに、マイナポータル連携によって自動取得した医療費データについては、紙の領収書を5年間保存する義務も免除されるという大きなメリットがあります。
スマホ申告前に準備しておくべきものと事前設定
スマホからの確定申告をスムーズに進めるための準備物は次のとおりです。
手続きを開始する前に手元へ揃えておきましょう。
- 1. マイナンバーカード（署名用パスワード・利用者証明用パスワードの暗証番号を確認）
- 2. マイナンバーカード読み取り機能に対応したスマートフォン
- 3. スマホアプリ「マイナポータルアプリ」の事前インストール
- 4. マイナポータルと国税庁（e-Tax）の連携設定（アプリ内から数分で完了）
マイナポータル連携を活用したe-Tax申告の一般的な手順
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」におけるスマートフォンでの一般的な申告の流れは次のとおりです。
画面の案内に従って順に進めていきましょう。
- 1. スマホで国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、作成開始を選択する
- 2. 提出方法で「マイナンバーカード方式」を選択し、マイナポータルアプリでカードを読み取る
- 3. 医療費控除の選択画面で「マイナポータルから情報を取得する」を選択しデータを連携させる
- 4. 自動反映されない市販薬の購入代金や通院交通費がある場合は、画面上で手入力追加を行う
- 5. 還付金の振込先金融機関口座を指定し、最終確認後に申告データを送信する
領収書を紛失・破棄した場合の対処法と保管管理テクニック
確定申告の時期になって「医療費の領収書を失くしてしまった」「誤って捨ててしまった」と焦るケースは少なくありません。
しかし、領収書が1枚もないからといって、すぐに医療費控除の利用を諦める必要はありません。
領収書の代わりとなる公的な通知書や医療機関の証明書などを活用することで、適切な税務処理を行うことが可能です。
また、今後は領収書を紛失しないための管理ルールを作り、5年間の保管期限を安全に乗り切る仕組みを整えておくことが大切です。
領収書がない場合に使える3つの代替証明手段
領収書を紛失した場合に検討すべき代替の対応手段は次のとおりです。
ご自身の状況に合わせて活用できるものを選択してください。
- 【医療費通知（医療費のお知らせ）の活用】加入している健康保険組合から届く医療費通知があれば、領収書の代わりとして明細書に添付・保存可能
- 【年間支払証明書の発行依頼】病院や薬局に依頼し、1年間で支払った医療費の総額を証明する「年間支払証明書」を発行してもらう
- 【診察券や銀行口座・カード履歴の提示】税務署から確認が入った際、実際に通院して支払った事実を示す補足資料として提示する
5年間の保管期間をストレスなく管理する3つの手順
また、共働き世帯で「夫婦のどちらが医療費控除を申告すべきか」「世帯全体でどう分けるのが最もお得か」でお悩みの方は、当サイトの専門診断ツールをぜひご利用ください。
医療費領収書の効率的な管理ステップ一覧
| ステップ | 実施するタイミング | 具体的な作業内容 |
|---|---|---|
| ステップ1：収集 | 病院・薬局を受診した当日 | 専用封筒へ領収書と交通費メモを即時投入 |
| ステップ2：集計 | 翌年1月〜2月の申告準備期 | 医療費集計フォームまたはe-Tax画面へ入力 |
| ステップ3：保管 | 確定申告完了の直後 | 年度別封筒に保管期限を書いて5年間保存 |
- 1. 家族別に「医療費領収書用ファイル（または封筒）」を1冊用意する
- 2. 帰宅したら領収書とメモした通院交通費をすぐにファイルに入れる
- 3. 申告完了後、年度ごとにまとめて「◯◯年分 医療費領収書（◯◯年3月まで保管）」と期限を記載して保管する
よくある質問
Q. 領収書を捨ててしまったら、医療費控除は絶対に受けられませんか？
A. 確定申告の提出時に領収書の添付は不要なため、申告自体は行うことができます。ただし、後日税務署から提示を求められた際に証明できないリスクがあります。健康保険組合発行の「医療費通知（医療費のお知らせ）」や医療機関発行の「年間支払証明書」を入手できれば、領収書の代わりとして保管・活用することが可能です。
Q. 住民税の減額分はいつ、どのように反映されますか？
A. 確定申告を行った年の6月以降の住民税から減額されます。会社員の方であれば、毎年5月〜6月に会社から配布される「給与所得等に係る市民税・県民税特別徴収税額の決定通知書」の控除欄を確認することで、減額分が適用されているか把握できます。
Q. 過去の医療費控除を申請し忘れていた場合、遡って申告できますか？
A. はい、過去に医療費控除を行っていなかった場合、対象となる年の翌年1月1日から「5年間」であれば遡って還付申告が可能です。例えば2024年（令和6年）分の医療費控除は、2025年1月1日から2029年12月31日まで遡って申請できます。
まとめ
- ▶医療費控除の領収書は支払日ではなく確定申告期限の翌日から【5年間】の自宅保管が義務づけられている
- ▶実際の節税効果は所得税の還付金と翌年の住民税減額（差し引き）の合計でありご自身の税率で決まる
- ▶スマホとマイナポータル連携を活用すれば自動データ入力が可能になり紙の領収書保管も一部免除される