住宅借入金等特別控除証明書とは？いつ届く？紛失時の再発行や年末調整の書き方を解説
最終更新日：2026年9月17日
この記事でわかること
- ✔ 「控除証明書（税務署）」と「残高証明書（金融機関）」の違いがよくわかる
- ✔ 年末調整での具体的な記入手順と控除額の計算方法が把握できる
- ✔ 万が一紛失した場合の税務署・銀行での再発行手続きが理解できる
マイホームを住宅ローンで購入した際、節税の大きな柱となるのが「住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）」です。会社員の方が2年目以降に控除を受けるには、年末調整で「住宅借入金等特別控除証明書」を提出する必要があります。
しかし、「いつ届くのかわからない」「金融機関から届く残高証明書と何が違うのか混乱する」「失くしてしまったかもしれない」とお悩みの方も多いのではないでしょうか。
本記事では、税金・節税専門メディアの編集部が、住宅借入金等特別控除証明書の基礎知識から年末調整での書き方、再発行の手順まで分かりやすく解説します。
住宅借入金等特別控除証明書とは？残高証明書との違いを整理
「住宅借入金等特別控除証明書」は、住宅ローン控除を受けるために不可欠な証明書類です。住宅ローン控除を適用すると、年末時点のローン残高に応じた金額が所得税や住民税から差し引かれます。
ただし、年末調整や確定申告の手続きでは「税務署から届く書類」と「金融機関から届く書類」の2種類が存在するため、混同しがちです。スムーズに手続きを進めるために、まずは両者の役割の違いを正しく整理しておきましょう。
税務署から届く「控除証明書（兼申告書）」
税務署から交付される正式名称は「給与所得者の住宅生計維持等に係る住宅借入金等特別控除申告書 兼 住宅借入金等特別控除証明書」です。実務上は「住宅ローン控除申告書」や「控除証明書」と呼ばれます。
この書類は、控除を受ける人が給与所得者として控除の適用を受ける資格があることを税務署が証明し、同時に申告を行うための用紙です。初年度に確定申告を行うと、2年目以降の控除適用期間分（複数年分）が一括して郵送されてきます。
金融機関から届く「住宅取得資金に係る借入金の年末残高証明書」
金融機関（銀行、信用金庫、住宅金融支援機構など）から届くのは「住宅取得資金に係る借入金の年末残高証明書」です。これは、その年の12月31日時点における住宅ローン残高の見込み額を証明する書類です。
毎年10月〜11月頃になると、ローンを契約している金融機関から郵送で届きます。年末調整や確定申告では、税務署からの「控除証明書」と金融機関からの「残高証明書」の2点をセットで提出しなければなりません。
控除証明書と残高証明書はいつ・どこから届く？
住宅ローン控除に必要な2つの書類は、それぞれ発行元も送付時期も異なります。年間スケジュールを把握しておくことで、年末調整の直前に慌てる心配がなくなります。
2つの重要書類における発行元・発送時期・対象年数は次のとおりです。
住宅ローン控除関連書類の送付時期と発行元一覧
| 書類の名称 | 発行元 | 発送時期の目安 | 届く単位 |
|---|---|---|---|
| 残高証明書 | 金融機関（銀行等） | 毎年10月中旬〜11月頃 | 毎年（単年分ずつ） |
| 控除証明書（兼申告書） | 所轄の税務署 | 初年度確定申告後の10月頃 | 適用期間分が一括で届く |
| 電子交付データ | マイナポータル / e-Tax | 毎年10月中旬〜下旬頃 | マイナポータル等で確認 |
- 金融機関の残高証明書は、毎年10月下旬から11月中旬にかけて自動的に郵送されます。
- 税務署の控除証明書は、1年目の確定申告時に「次回以降の交付」を希望した場合、2年目の10月頃に残り年数分がまとめて届きます。
- 電子交付（e-Tax連動）を希望している場合は、紙の郵送ではなくマイナポータル宛てに電子データで届きます。
年末調整での住宅ローン控除の計算と申告書の書き方
例えば、年末のローン残高が3,000万円で適用控除率が0.7%の場合、年間控除額は21万円（3,000万円 × 0.7%）となります。仮にその年の所得税額が15万円だった場合、所得税から15万円が控除され、引ききれなかった6万円は一定の限度額内で翌年の住民税から控除されます。
ご自身の年収や家族構成によって、住宅ローン控除と他の控除（ふるさと納税やiDeCoなど）の併用効果は変動します。当サイトの診断ツールを利用して、節税額の全体像をシミュレーションしてみましょう。
申告書への具体的な記入手順
税務署から届いた「申告書兼控除証明書」の記入は、金融機関からの「残高証明書」に記載された数字を転記していく作業が中心です。記入手順は次のとおりです。
- 「新築又は増改築等に係る住宅借入金等の年末残高」の欄に残高証明書の金額を転記する
- 「居住用部分の床面積の割合」を確認し、100%（店舗併用住宅などの場合は該当割合）を掛ける
- 計算した残高に適用控除率を掛けて「住宅借入金等特別控除額」を算出して記入する
- 申告書の下部にある「証明書」部分の記載内容（当初の家屋取得対価や床面積など）と整合しているか確認する
住宅借入金等特別控除証明書を紛失した場合の再発行手順
「税務署から届いていたはずの用紙が見当たらない」「引越しの際にどこかへ紛失してしまった」という場合でも、所定の申請を行えば再発行が可能です。
紛失した書類に応じた再発行の手続き方法は次のとおりです。
税務署発行の「控除証明書」を再発行する場合
税務署からの控除証明書（兼申告書）を紛失した場合は、所轄の税務署へ「東日本大震災等による被災者以外の者用の住宅借入金等特別控除証明書の再交付申請書」を提出します。
再交付の申請手段は次のとおりです。
- 所轄の税務署窓口へ直接赴き、申請書を記入して提出する
- 国税庁Webサイトから申請書をダウンロードして印刷・記入し、郵送で税務署へ送付する
- e-Tax（確定申告書等作成コーナー）を利用してオンラインで再交付申請を行う
金融機関の「残高証明書」を再発行する場合
金融機関からの残高証明書を紛失した場合は、住宅ローンを契約している銀行や金融機関の窓口、カスタマーセンター、またはWEBポータルサイトから再発行を依頼します。
近頃はインターネットバンキング上で即日PDFを発行できる金融機関も増えています。郵送手続きになる場合は数日から1週間程度要するため、早めの手続きを心がけましょう。
初年度の確定申告と2年目以降の年末調整の違い・注意点
万が一、初年度の確定申告を忘れてしまった場合でも、過去5年間まで遡って「還付申告」を行うことができます。気づいた時点で早めに確定申告書を作成して提出しましょう。
また、住宅ローン控除を受けている期間中は、ふるさと納税の控除上限額に影響が出たり、医療費控除（障害者控除や補聴器購入時の医療費控除適用など）や副業の確定申告、NISA等を活用した節税対策との兼ね合いが生じることがあります。ご自身の状況に合わせて総合的に税務をチェックすることが重要です。
住宅ローン控除の初年度と2年目以降の比較表
| 比較項目 | 初年度（1年目） | 2年目以降 |
|---|---|---|
| 手続き方法 | 確定申告（翌年2月15日〜3月15日頃） | 年末調整（秋頃に勤務先へ提出） |
| 必要書類 | 売買契約書、登記事項証明書、源泉徴収票など | 控除証明書 ＋ 残高証明書 |
| 書類の入手先 | 法務局、不動産会社、金融機関など | 税務署（保管品）＋ 金融機関 |
| 還付金の受取方法 | 指定口座へ振り込み | 12月または1月の給与と一緒に支給 |
よくある質問
Q. 住宅借入金等特別控除証明書は毎年自宅に届くのですか？
A. いいえ、税務署からの控除証明書（兼申告書）は初年度の確定申告を行った年の10月頃に、2年目から最終年分までがまとめて一括で郵送されます。毎年届くのは金融機関からの「残高証明書」のみです。手元に保管してある複数枚の申告書の中から、該当する年用の用紙を1枚ずつ取り出して使用します。
Q. 年末調整の提出期限までに証明書の再発行が間に合わない場合はどうすればいいですか？
A. まずは勤務先の年末調整担当者に「再発行の手続き中である」旨を伝えて相談してください。会社側の締め切りに間に合わない場合は、一度住宅ローン控除を適用せずに年末調整を完了させ、翌年1月以降に自分で所轄税務署へ確定申告（還付申告）を行うことで、控除分の税金を取り戻すことができます。
Q. 夫婦でペアローンを組んでいる場合、証明書はどのように届きますか？
A. ペアローンの場合は夫婦それぞれが個別に住宅ローン契約を結んでいるため、税務署からの控除証明書も金融機関からの残高証明書も、夫婦それぞれに1セットずつ届きます。年末調整の際も、夫婦それぞれが自身の勤務先に自分の書類を提出して申告を行う必要があります。
Q. 医療費控除やiDeCo、ふるさと納税と住宅ローン控除は併用できますか？
A. 併用可能です。ただし、医療費控除やiDeCo等の所得控除を利用すると課税所得が下がり、本来支払うべき所得税額自体が小さくなります。その結果、住宅ローン控除の可能額が所得税から引ききれなくなるケースがあります。引ききれなかった分は一定の限度額内で翌年の住民税から控除されます。
まとめ
- ▶「住宅借入金等特別控除証明書（税務署）」と「残高証明書（金融機関）」は異なる書類であり、年末調整では両方が必要です。
- ▶税務署からの控除証明書は初年度確定申告後に複数年分が一括送付されるため、大事に保管しておく必要があります。
- ▶紛失した場合は税務署や金融機関へ速やかに再発行申請を行い、間に合わない場合は確定申告（還付申告）で税金を取り戻しましょう。